Департамент управління справами Департамент загальної середньої та дошкільної освіти Департамент професійно-технічної освіти Департамент вищої освіти Управління роботи з персоналом та керівними кадрами Департамент атестації кадрів вищої кваліфікації Департамент науково-технічного розвитку Департамент економіки та фінансування Юридичний департамент Департамент інноваційної діяльності та трансферу технологій Управління зв’язків з громадськістю та забезпечення діяльності Міністра (патронатна служба) Управління міжнародного співробітництва та європейської інтеграції Управління бухгалтерського обліку та звітності Управління ліцензування, акредитації та нострифікації Відділ внутрішнього аудиту Сектор інформаційно-технічного забезпечення та захисту інформації Сектор з питань безпеки життєдіяльності Сектор з питань спеціальної перевірки Головний спеціаліст з питань мобілізаційної роботи Спецсектор